Les effets secondaires des principaux vaccins utilisés en France peuvent être classés selon leur fréquence (rares ou communs), leur répercussion (réaction locale au site d'injection ou réaction générale), leur sévérité (hospitalisation, invalidité, décès).

On peut aussi distinguer :

• Les effets induits par le vaccin, liés aux caractéristiques vaccinales et à la réponse du vacciné ; ils n'auraient pas eu lieu sans vaccination (ex : une paralysie après vaccination par le vaccin anti-poliomyélite oral).
• Les effets favorisés par le vaccin qui seraient apparus en dehors de toute vaccination, mais celle-ci a favorisé leur survenue (ex : une Convulsion fébrile chez un nourrisson).
• Les effets liés à une erreur de préparation ou d'administration (ex : l'atteinte du nerf sciatique après injection du vaccin dans la fesse chez le nourrisson).
• Les effets concomitants, liés au hasard ou à une maladie sous jacente et jusqu'alors méconnue ou non.

Les vaccins vivants atténués, comme les vaccins rougeole-oreillons-rubéole et poliomyélite oral, peuvent reproduire à minima la maladie, essentiellement en cas de déficit immunitaire.